Virginie BERNARD

** Management de projets de recherche ayant pour objectifs l'identification et la caractérisation de variations causales impliquées dans des maladies génétiques

** Encadrement d'étudiants

Compétences mises en œuvre
- Conception du projet et implémentation d’algorithmes (programmes en langage Perl)
- Veille technologique pour utiliser les meilleurs outils de bioanalyse. Exploitation d’outils d’alignement, de comparaison de séquences, de recherche de variations
- Gestion de multiples données : Next Generation sequencing : exomes (Illumina / Solexa), SNP, ChIP-Seq, exploitation de nombreuses bases de données
- Collaboration avec une équipe de biologistes et des cliniciens - rédactions de rapports
- Formations et conseils à l’analyse d’exomes (chercheurs, collaborateurs)
- Contributions aux demandes de financements: obtention d’une bourse de voyage
- Contribution à la rédaction de projets
- Encadrement de stagiaires et d’ingénieurs informaticiens

Résultats
- Analyse de ~ 40 exome (prédictions validées expérimentalement)
- Amélioration de la méthode de prédiction des variations causales - meilleure sensibilité et spécificité
- Mise en place d’un outil pour analyser les exomes (utilisation proposée à nos partenaires)
- Mise en place d'une pipeline pour prédire les variations dans les régions régulatrices
- Valorisation du projet de recherche:
--> 1 revue, 1 publication soumises, 2 publications en cours d'écriture
--> 6 posters lors de conférences locales et internationales
--> 2 invitations pour présentations orales lors de l’ISMB / ECCB

Intitulé des deux projets majoritaires:
* Exome sequencing and Parkinson disease: toward the identification of causal sequence variations
* High throughput sequencing for treatable inborn errors of metabolism causing intellectual disability and epilepsy

** Septembre 2011 : gestion d'un projet ayant pour objectif de lister l'ensemble des laboratoires et formations de bioinformatique en France

** Juillet 2011 : co-organisation d'une journée Satellite lors de la conférence JOBIM "Métiers et carrières de la bioinformatique "

** Juin 2011 : co-organisation d'une rencontre ""Travailler dans le privé, avec ou sans thèse?"

** Octobre 2010 : Responsable vulgarisation scientifique - Animation de bioinformatique lors des fêtes de la science : Ouverture d’un partenariat avec l’Ecole de l’ADN d'Angers / Rédaction d’un projet d’animation en bioinformatique / Développement du projet : animation proposée via une interface web
Site web: Loup y es-tu?

** Septembre 2010 : co-organisation d'une journée Satellite lors de la conférence JOBIM "Débuter une carrière en bioinformatique"

** Juin 2009 : co-organisation d'une journée Satellite lors de la conférence JOBIM "Les opportunités en bioinformatique en France pour les jeunes bioinformaticiens"

Après avoir été 2 ans présidente (2008 2010), je reste impliquée dans cette association en tant que membre du conseil d'administration. J'ai été impliquée dans ces projets

** Mise en place d'une journée annuelle de rencontre entre les étudiants en Master / Licence 3 et les anciens étudiants: présentation d'anciens étudiants & table ronde.
Principal objectif: aide à l'orientation;

** Enquête sur le devenir des anciens étudiants;

** Création d'une gazette de l'association.

Pour la rentrée 2011-2012, nous ouvrons un nouveau système de parrainage. Je suis impliquée dans ce projet et aide à le mettre en place.

Management d'un projet de recherche ayant pour objectifs l'identification et la caractérisation de séquences d’ADN d’intérêt biologique

Compétences mises en œuvre
- Sélection des sources d’informations : veille bibliographique / technologique
- Programmes en langage Perl
- Analyses statistiques, de la fouille de données sous le logiciel R
- Analyses de grandes quantités de données et leurs relations:
structure, fonction, expression des gènes & présence de séquences d’intérêt
- Collaboration avec une équipe de biologistes de l’Unité
- Formation et conseils sur l’analyses des promoteurs
- Contributions aux demandes de financements: obtention d’une bourse de voyage

Résultats
- Amélioration de la méthodologie d’identification: meilleur spécificité
- Identification de nouvelles séquences d’intérêt et caractérisation de leur rôle
- Valorisations de l’identification : Un article en 1er auteur ; deux présentations orales lors de séminaires invitée; un poster lors d’une conférence nationale, un poster lors d'une conférence internationale
- Valorisation de la caractérisation : Un article en 1er auteur ; deux présentations orales lors de séminaires; quatre posters lors de conférence nationales et internationale

Contribution à un projet de recherche ayant pour objectif l'identification de séquences d’ADN d’intérêt biologique
Compétences mises en œuvre
- Programmes en langage Perl / SQL sous Oracle / Perl (CGI / DBI)
- Analyses statistiques sous le logiciel R
Résultats
- Conception d’une méthodologie d’identification et de son interface d’utilisation
- Conception et gestion d’une base de données
- Valorisation: publication d’un article, présentation orale lors d’un congrès national

Contribution à un projet de recherche ayant pour objectif d’identifier les conformations d’une protéine d’intérêt dans le développement de biocarburants

Compétences mises en œuvre
- Analyses réalisées avec les logiciels de la société Accelrys: Recuit simulé

Résultats
- Développement d’un protocole pour explorer les conformations de la protéine
- Protocole exploité lors de la valorisation par une publication d’un article

Contribution à un projet de recherche ayant pour objectif de constituer une base de connaissances concernant les réseaux de régulation des gènes

Compétences mises en œuvre
- Programmes en langage Perl, XML
- Sélection des sources d’informations : veille technologique

Résultats
- Développement d'outils pour rapatrier et convertir des données
- Valorisation: présentation d’un poster lors d’une conférence internationale

Contribution à un projet de recherche ayant pour objectif d’identifier de nouvelles mutations responsables d’une maladie génétique rare

Compétences mises en œuvre
- Analyses en biologie moléculaire: PCR / Hétéroduplexes / séquençage

Résultats
- Identification d’une mutation causale
- Valorisation: publication d’un article